Podjął studia prawnicze, które jednak wkrótce porzucił i zaczął studiować we wrocławskiej Akademii Sztuki i Przemysłu Artystycznego. Talent rozwijał i umiejętności doskonalił w latach 1921-24 w krakowskiej Akademii Sztuk Pięknych, potem przebywał z grupą kapistów w Paryżu. Po powrocie do Polski był redaktorem naczelnym „Głosu Plastyków” oraz profesorem warszawskiej Akademii Sztuk Pięknych. Wykładał też w Państwowej Wyższej Szkole Sztuk Plastycznych w Sopocie.

W 1930 wziął udział w pierwszej wystawie kapistów w paryskiej Galerie Zak, później we wspólnej wystawie w Genewie, a po powrocie do kraju w 1931 także w zbiorowej wystawie w Polskim Klubie Artystycznym w Warszawie. W 1932 miał pierwszą wystawę indywidualną w Krakowie.

1 września 1951 r. na fali represji, które w okresie socrealizmu dotknęły środowisko polskich artystów, został usunięty ze stanowiska profesora warszawskiej Akademii Sztuk Pięknych. Przez pięć kolejnych lat nie uczestniczył w wystawach, muzea wstrzymały zakupy jego prac. Represje nie złamały artysty. Jeszcze za życia jego twórczość zaliczona została do najważniejszych osiągnięć polskiego malarstwa XX wieku.

Po II wojnie światowej był również głównym inicjatorem reaktywowania Związku Polskich Artystów Plastyków.

Potwierdzeniem szczególnego miejsca w powojennej historii polskiej sztuki było ustanowienie w 1973 r. przez Oddział Warszawski Związku Polskich Artystów Plastyków corocznej nagrody im. Jana Cybisa. 24 listopada 1975 w Warszawie jednej z ulic na terenie obecnej dzielnicy Ursynów zostało nadanie imię Jana Cybisa. Nazwisko tego twórcy jest jednym z najważniejszych w historii polskiej sztuki i jeśli chodzi o znaczenie i wartość artystyczną, jest równorzędne z takimi modnymi nazwiskami twórców, jak Nowosielski, Winiarski, Gierowski i – coraz bardziej Tarasin i Dominik. Otrzymał nagrodę Zagranicznych w Salonie Malarskim 1937. W został odznaczony Złotym Krzyżem Zasługi, a w 1949 Orderem Sztandaru Pracy II klasy. W 1955 otrzymał Nagrodę Państwową I stopnia za całokształt twórczości malarskiej.

Opolszczyzna także uhonorowała artystę gromadząc w Muzeum Śląska Opolskiego największą w Polsce kolekcję jego prac: kolekcja prac Cybisa prócz 90 obrazów olejnych obejmuje ponad 800 prac na papierze, a także osobiste rzeczy artysty – podręczniki, przybory szkolne, elementy wyposażenia mieszkania, przedmioty używane do układania martwych natur, dokumenty, księgozbiór. nie bliska, ponieważ gromadziła też jego przyjaciół kapistów.

Jego prace wystawiane były w kraju i za granicą, m.in. w Wenecji, Brukseli, Sztokholmie, Paryżu, Oslo, Chicago, Waszyngtonie i Nowym Jorku.

Tworzył pejzaże, portrety, jednak jego wielobarwne martwe natury były jednym z ulubionych tematów artysty i są najbardziej poszukiwanymi dziełami wśród kolekcjonerów. Jego twórczości została ukształtowanej pod wpływem nowoczesnej sztuki francuskiej m.in. Cézanne’a i Bonnarda. Cybis stał się w Polsce głównym propagatorem koloryzmu, nazywanym też kapizmem.